Як наслідок принципу цілісності організму і принципу подоби є вимога індивідуалізації лікування (§82) і призначення одного препарату. Наслідком принципу випробування лікарських речовин є використання малих доз лікарської речовини (§68).

Якщо хоч би один з цих принципів (або законів) ігнорується, то вся струнка система гомеопатичної медицини розвалюється, як картковий будиночок.

Як і в будь-якій іншій науковій системі, в гомеопатії виділяється теоретична частина і розроблена на її основі прикладна частина. С. Ганеман в §3 "Органону лікарського мистецтва" пише, що для досягнення успіху в лікуванні лікар повинен діяти таким чином: "1) визначити в точності, що належно лікувати в кожному даному випадку (розпізнавання хвороби, покази); 2) знати цілющі властивості різних ліків (лікарствовідання); 3) уміти застосовувати ліки до хвороби так, щоб видужання необхідно настало, для чого необхідні як точний вибір ліків, так і знання справжньої міри прийому і часу його повторення; нарешті, 4) знати і усувати обставини, що перешкоджають видужанню, для того, щоб останнє було надійним". Виходячи з цього ствердження основоположника гомеопатії теоретична частина ділиться на дві складових: гомеопатичну концепцію розвитку патологічного процесу, яка дозволяє визначити, що потрібно лікувати в кожному конкретному випадку, і гомеопатичне лікарствовідання, що частіше іменується гомеопатична Materia Medica, яке дозволяє дізнатися цілющі властивості лікарських речовин.

В основі гомеопатичної концепції розвитку патологічного процесу лежить один з наріжних базових принципів гомеопатії - принцип цілісності людського організму, тобто організм розглядається як єдине ціле і, отже, немає окремих захворювань, а є різні стадії розвитку патологічного процесу. Цю всім очевидну істину, що в організмі всі процеси взаємопов'язані і при зміні функції одного органу обов'язково змінюються функції і всіх інших органів, на словах визнають всі лікарі, але на практиці продовжують наполегливо лікувати один орган або систему, наївно вважаючи, що якщо усунути симптоми з боку одного органу, то це означає вилікувати весь організм.

Виходячи з концепції цілісності організму в гомеопатії введене поняття конституційного типу. Всі конституційні типи розділяються на істинні природжені конституційні типи і патологічні набуті конституційні типи. Істинним природженим конституційним типом може бути тільки поліхрест рослинного походження: Nux vomica, Pulsatilla, Ignatia, Lycopodium і т. д. Все інші поліхрести, окрім рослинних, відносяться до патологічних набутих конституційних типів: Sepia, Aurum, Natrum muriaticum, Phosphorus, Calcarea carbonica і т. д. (Виключення складають препарати, приготовані з тваринних отрут. Вони виділяються в окрему групу.)

Розподіл конституційних типів на істинні природжені і патологічні набуті конституційні типи є окремим випадком поняття про генотип і фенотип, яке вивчається в курсі біології.

Функції різних органів порушені не в однаковій мірі - функції одних органів порушені сильніше, інших слабше. Ступінь порушення функцій того або іншого органу залежить від істинного природженого конституційного типу, стадії розвитку патологічного процесу і рівня ураження організму.

Рівень ураження співвідноситься з біологічним рівнем організації живого організму. У біології виділяються наступні рівні організації живого організму: самий перший рівень - це клітина; сукупність однотипних клітин - це тканина; наступний рівень - орган, утворений кількома різнорідними тканинами; сукупність органів, що виконують одну функцію, називається системою органів; сукупність всіх систем називається організмом; коли організм володіє розумом, то це вже особистість. Отже, рівні організації живого організму виглядають наступним чином: клітина -> тканина -> орган -> система органів -> організм -> особистість. Відповідно до цих біологічних рівнів організації живого організму, в гомеопатії виділяють наступні рівні ураження: клітини і тканини - органічний, або патологічний; органи і системи органів - функціональний, або органний; організм і особистість - психічний, або ментальний. Рівень ураження визначає необхідну величину потенції.

Рівень організації	Рівень ураження	Потенція
Клітина Тканина	Органічний	0 - 30
Органи Системи органів	Функціональний	30 - 1000
Організм Особистість	Психічний	1000 - LM

Лікар-гомеопат повинен працювати з всіма потенціями, починаючи з фіти (тинктури) і закінчуючи LM(100⁵⁰⁰⁰⁰). Вибір потенції залежить від рівня ураження організму.

У § 2 "Органону лікарського мистецтва" С. Ганеман говорить: "Ідеал лікування полягає в тому, щоб відновити здоров'я хворого швидко, легко і міцно або усунути і цілком знищити хворобу у всьому її обсязі в найкоротший, найвірніший і найбезпечніший спосіб на основі ясних і очевидних даних". Коментуючи цей параграф, Дж. Т. Кент пише: "Виліковування повинно засновуватися на ясних і очевидних принципах - третій момент. Це означає, що процес лікування підкоряється незмінним принципам, і лікар в своїй діяльності повинен керуватися ясними і чіткими законами, такими ж загальними, як, скажемо, закон тяжіння, а не працювати навмання, керуючись тільки різними, часто протилежними думками різних "світил медичної науки" або бездумно призначаючи ліки за рекомендаціями їхніх виробників.

Базові принципи гомеопатії залишаються незмінними протягом всього часу її існування. Вони прості і зрозумілі кожному думаючому лікареві". (Дж. Т. Кент "Лекції по філософії гомеопатії".) І далі: "Людський організм - не якась ізольована система, він - частина природи і підкорюється основним законам природи, загальним для всіх. Якщо лікар не розуміє цього, розглядаючи живий організм ізольовано, він ніколи не доможеться успіху, оскільки не зможе спиратися в своїй діяльності на ясні і зрозумілі принципи. Але коли лікар в своїй повсякденній роботі керується цими принципами, чудово знає Materia Medica і усвідомлено застосовує свої знання на практиці, він досягає приголомшуючих успіхів, отримуючи радість від своєї роботи, і завойовує щиру повагу і любов своїх пацієнтів".

З вищесказаного стає ясно, що патологічний процес розвивається по тих же самих законах, що і будь-який інший процес в живій і неживій природі. Цих фундаментальних законів три:

а) закон переходу кількості в якість;
б) закон боротьби єдності і протилежності;
в) закон розвитку по спіралі.